I Dipartimenti costituiscono la struttura centrale dell'organizzazione accademica delle Università, dedicati alla gestione e allo sviluppo di uno o più settori di ricerca scientifica caratterizzati da omogeneità di obiettivi o metodi.
Oltre a promuovere e coordinare le attività di ricerca nelle proprie aree di riferimento, si occupano di pianificare e gestire le attività didattiche e formative connesse a tali ambiti, garantendo un'integrazione tra conoscenza e insegnamento.
Inoltre, svolgono un ruolo attivo nello sviluppo di collaborazioni e iniziative legate o complementari agli obiettivi scientifici, educativi e formativi dell’Ateneo
Presso l’Ateneo reggino operano 5 dipartimenti:
Focalizzato sulla scienze agrarie e forestali, questo dipartimento offre programmi che coprono argomenti come la produzione agricola, la gestione delle risorse naturali e la sostenibilità ambientale.
Il dAeD promuove, coordina e gestisce la ricerca di base e quella applicata (sperimentale e pre-industriale), la formazione, il trasferimento tecnologico con riferimento agli ambiti del progetto di architettura e urbano, del progetto urbanistico e del paesaggio, del disegno e del restauro, della valorizzazione e della gestione del patrimonio architettonico e del design, della tecnologia e dell’innovazione.
Il Dipartimento di Giurisprudenza Economia e Scienze Umane dell'Università Mediterranea incorpora cinque Corsi di studio: Giurisprudenza e Scienze della Formazione Primaria (percorsi quinquennali), Scienze dell’Educazione e della Formazione, Scienze Economiche (percorsi triennali) ed Economia (percorso biennale Magistrale).
Il Dipartimento di Ingegneria Civile, dell’Energia, dell’Ambiente e dei Materiali (DICEAM) è stato creato per fornire una struttura ingegneristica interdisciplinare, promuovendo interazioni proficue tra scienze di base e applicate, con l'obiettivo di sostenere progetti di ricerca e didattica ampi e sostenibili.
Il Dipartimento di Ingegneria dell’Informazione, delle Infrastrutture e dell’Energia Sostenibile (DIIES) si distingue per il forte impegno nello studio e nello sviluppo di metodi avanzati in vari settori ingegneristici.